3 Forhandlingene om protokollen
Protokollforhandlingene begynte i 1996 og ble avsluttet på ekstraordinært partsmøte under konvensjonen 24.-29. januar 2000 i Montreal, Canada.
I henhold til forhandlingsgruppens mandat var deltagelse åpen for representanter og eksperter utpekte av regjeringer og regionale organisasjoner for økonomisk integrasjon. Selv om USA ikke er part i konvensjonen om biologisk mangfold, deltok de i forhandlingene.
På norsk side har Miljøverndepartementet ledet arbeidet med forhandlingene. Forhandlingsmandatet var til behandling i Regjeringen i februar 1999 og i januar 2000. Spesialrådgiver Peter Johan Schei, Direktoratet for naturforvaltning, ledet den norske delegasjonen, som også besto av representanter fra Miljøverndepartementet, Landbruksdepartementet og Utenriksdepartementet.
Forhandlingene var tidkrevende og preget av interessemotsetninger mellom de såkalte Miami-landene (de store OECD-landene med bioteknologiindustri slik som USA, Canada, Australia m.fl.), som ønsket minst mulig restriksjoner på sin eksport, og utviklingslandene som i stor grad ønsket å kunne kontrollere all import. EU var i en mellomstilling, mens Norge lå nærmere utviklingslandenes posisjoner.
Miami-landene forsøkte på flere måter å begrense protokollens virkeområde, bl.a. ved å hevde at bare GMO som skulle settes ut i naturen (f.eks. planter) skulle kreve forhåndssamtykke, ved å hevde at identifikasjon og merking av GMO-laster krever segregering av laster og derfor blir for dyrt for industrien, og ved å vise til at helsevurderinger var dekket under andre internasjonale avtaler, bl.a. under avtalen om veterinære og plantesanitære tiltak (SPS-avtalen) under WTO. De ønsket å inkludere en bestemmelse som gir handelsavtalene (WTO-avtalene) forrang foran protokollen («savings clause»). Øvrige land med EU i spissen gikk sterkt mot å inkludere en slik bestemmelse fordi man mente at dette ville undergrave betydningen av internasjonale miljøvernavtaler og også skape en uheldig presedens i forhold til senere miljøvernavtaler. Utviklingslandene gikk inn for samme bestemmelse som i biokonvensjonen, som innebærer at protokollen har forrang foran WTO-avtalene og andre internasjonale avtaler i tilfeller hvor det er risiko for alvorlig skade på eller trussel mot biomangfold.
I siste runde greide en å få på plass kompromissløsninger som etter norsk syn er gode, jf. pkt. 6 nedenfor.